自物然界中的大多数微生物对人类是有益的，应充分研究、开发和利用。而有些微生物对人类可产生严重负面影响，危害人类健康、影响社会发展和稳定。有害的食品微生物是指能引起食品变质的腐败菌和致人、畜疾病的致病菌。其中致病菌是指那些引起人体食物中毒或其他传染性的食源性疾病的微生物。
| 微生物检测 | 检测项目 | 检测方法 |
|---|---|---|
| 污染源分析 | 实验室方法 | |
| 菌种鉴别 | 实验室方法 | |
| 菌落总数 | GB 4789.2 | |
| 大肠菌群 | GB 4789.3 | |
| 大肠埃希氏菌 | GB 4789.38 | |
| 霉菌和酵母 | GB 4789.15 | |
| 金黄色葡萄球菌 | GB 4789.10 | |
| 沙门氏菌 | GB 4789.4 | |
| 志贺氏菌 | GB 4789.5 | |
| 副溶血性弧菌 | GB 4789.7 | |
| 单核细胞增生李斯特氏菌 | GB 4789.30 | |
| 蜡样芽孢杆菌 | GB 4789.14 | |
| 商业无菌 | GB 4789.26 | |
| 产气荚膜梭菌 | GB 4789.13 |
